Break Chaos es esencialmente un juego de disparos en tercera persona, con ecos de los survival horror como Resident Evil. Situado en un laboratorio de bioquímica abandonado en una isla aislada, los dos personajes de los jugadores, Mitsuki y Rick, son parte de una fuerza de investigación y limpieza enviados para averiguar la causa de una reacción térmica anómala. para avanzar en el juego hay que derrotar a enemigos, que en este caso son formas de vida alienígenas.