La historia comienza doscientos años después de los hechos acontecidos en Blood Omen en la linea alterada creada por Kain al evitar que la Segadora absorbiera a Raziel en Soul reaver 2, Kain despertó de su estado de inconsciencia en la ciudad de Meridian. Hasta entonces había sido cuidado por Umah, una integrante de la resistencia vampírica conocida como La Cábala. Kain fue puesto al día de los cambios acaecidos desde su derrota y del estado actual de Nosgoth. En este nuevo mundo, Kain encontró a Vorador como líder de un reducido grupo de vampiros enfrentados a los Sárafan. Así, le fue encomendada la tarea de investigar lo que los Sárafan ocultaban en el barrio industrial, que resultó ser ni más ni menos que la Piedra Nexo, un objeto que misteriosamente poseía la habilidad de repeler los ataques de la Soul Reaver, y además adquiere información parcial sobre una incipiente arma hylden conocida como El Artefacto.