El argumento se centra en una raza de aliens ladrones llamados "woolies" que han robado las provisiones de bolas de hilo del mundo (especialmente las de Bubsy, que poseía la mayor colección del mundo). Como era de esperar, Bubsy no está contento con la situación y se dispone a hacer moder el polvo a los Woolies. El juego dispone de cinco mundos principales con tres niveles en cada uno además de un nivel final al completar los primeros 15 niveles. Al final de cada mundo se da una contraseña para continuar el juego después de tener un "game over". En este juego, las continuaciones son objetos especiales que han de ser encontrados. En el juego hay varias animaciones con un estilo de dibujos animados. Por ejemplo si Bubsy choca contra un muro a gran velocidad, se desorientará con un cómico efecto de pájaros revoloteando sobre su cabeza (este es uno de las dos "lesiones" que no le matan; la otra es ser congelado por unos pocos segundos por un cono de helado, del que se descongela). Si el jugador no pulsa ningún botón después de deslizarse por un tobogán de agua, Bubsy se sacudirá todo el agua dejándole el pelo rizado durante unos segundos. En el tercer mundo, que representa un desierto del oeste, hay similitudes con un episodio del Coyote y el Correcaminos; Matt Berardo escribió a música. Las muestras de voz (realizadas por John A. S. Skeel) están presentes en la versión de MegaDrive pero fueron codificados en PCM.