The Wind Waker preserva varios aspectos de Ocarina of Time y la secuela de este, Majora's Mask, al mantener la interactividad y el sistema de control básicos del par de títulos de Nintendo 64. Además, se da un profundo énfasis en la manipulación del viento con ayuda de una batuta conocida como «Batuta de los Vientos» (en inglés: Wind Waker), que ayuda a la navegación en el mar y a la flotación en el aire. Tras su estreno, The Wind Waker fue aclamado por la crítica y se lo considera como uno de los juegos más populares de la consola GameCube.